Ayato et Haruka, élèves dans la même classe, sont deux jeunes amoureux à qui tout semble sourire. Mais l'apparition soudaine de visiteurs venus d'une dimension alternative, les "Mû", les sépare brutalement. Tokyo se retrouve enveloppée d'un dôme d'énergie qui la coupe du monde extérieur. Si Haruka a pu s'enfuir à temps, Ayato est restée à Tokyo. Trois ans plus tard, alors qu'Ayato a presque tout oublié de sa relation avec Haruka, des envahisseurs attaquent à nouveau, plongeant Tokyo dans les affres de la guerre. Errant dans la ville à moitié détruite, Ayato rencontre une femme qui dit s'appeler Haruka Shitow et qui prétend avoir des révélations à lui faire...